Η αμυγδαλιά πρέπει να κλαδεύεται κάθε χρόνο την περίοδο Οκτωβρίου-Ιανουαρίου. Το κλάδεμα διακρίνεται σε κλάδεμα σχηματισμού και σε κλάδεμα καρποφορίας.
Κλάδεμα Σχηματισμού
Το κλάδεμα σχηματισμού αφορά το σχήμα που θα δώσουμε στο νεαρό δέντρο. Συνήθως στην αμυγδαλιά δίνεται το κυπελλοειδές σχήμα. Δημιουργείται ένα δέντρο με 3-4 κύριους βραχίονες.
Κλάδεμα Καρποφορίας
Το κλάδεμα καρποφορίας, αποσκοπεί στην ανανέωση του καρποφόρου ξύλου και τον σχηματισμό νέων καρποφόρων οργάνων. Αυτό γίνεται με αποκοπή των παλαιότερων κλάδων αλλά και την ελαφρά αραίωση. Δηλαδή το κλάδεμα αυτό αφορά την απομάκρυνση των ξηρών ή προσβεβλημένων από διάφορους εχθρούς βλαστών, αλλά και την διατήρηση του φυτού σε ένα αποδεκτό ύψος ώστε να ευκολύνεται η συγκομιδή των καρπών.